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历代中医典籍都有关于菖蒲的药用方法的记载，菖蒲的花、茎香味浓郁，有开窍散风的功效，可以祛疫益智、强身健体 。菖蒲的根茎可以益智宽胸、聪耳明目、祛湿解毒 。另外，菖蒲可以做成香料驱蚊虫的 。
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菖蒲性味辛，温，无毒 。
菖蒲炮制方法用铜刀刮去菖蒲根黄黑硬节的皮，然后用嫩桑枝条拌匀，一起蒸熟，在阳光下暴晒后磨成粉末 。
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菖蒲的化学成分菖蒲含有细辛醚、顺甲基异丁香酚、甲基丁香酚、菖蒲烯二醇、菖蒲螺烯酮、水菖蒲酮、菖蒲螺酮、菖蒲酮等 。
菖蒲的毒理作用研究人员在大鼠腹腔内注射菖蒲油，大鼠会在几分钟内出现呼吸快急促，阵发性痉挛，严重时死亡 。在小鼠的腹腔内注射根茎的水提取物，有镇静作用 。变种日本菖蒲中毒后可机体引起胃肠炎、下痢 。
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菖蒲根主治【菖蒲功效与作用】风寒湿痹，有明耳目的功效，治耳鸣头风泪下；治小儿温疟，身积热不解，捣成汁服用，可以解巴豆、大戟毒 。块根治流感，，炭疽病，风湿痛;叶、花、花蕾治发热性疼痈、头痛、牙痛《滇省志》 。
菖蒲的服用方法采集一斤菖蒲和米一起浸泡一晚上，然后曝干过筛，和糯米粥和匀，加入蜂蜜，搓成药丸，放在通风处晾干 。
取菖蒲阴干一百天，磨成粉末 。每次喝酒的时候加入一小勺服用，长服可治健忘 。
需要注意的是中国植物图谱数据库已将菖蒲收录为有毒植物，其全株有毒，根茎毒性尤大 。大量口服会产生强烈的幻视，因此不了乱用，要在医嘱下服用 。
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菖蒲的驱虫作用菖蒲还是一种"绿色农药" 。将菖蒲根茎捣烂后，加水10倍的水熬煮两小时，将过滤得到的液体兑水3千克，可有效地防治稻飞虱、蚜虫、红蜘蛛等 。