1.故事发生在2154年 。杰克萨利曾是一名海军陆战队员，双腿瘫痪 。他觉得没有什么值得为之奋斗的 。这时，他得知他的双胞胎兄弟已经被杀了 。为了完成哥哥未竟的事业，杰克接受了一家派往潘多拉星球的矿业公司的工作 。
2.在这个星球上有一种矿物元素，未被发现，在其他地方都找不到 。之所以能吸引人类来这里创业，是因为unobtanium将彻底改变人类的能源产业 。但问题是资源丰富的潘多拉不适合人类生活 。这里的空气对人类是致命的，本地的动植物是凶猛的食肉动物，极其危险 。这里的环境也造就了一个与人类不同的种族：纳维族(navirace)，一种身高10英尺(约3米)的蓝色人形生物 。纳维人对人类拓荒者的到来不满，不喜欢人类机器在这个星球的土地上到处挖矿留下的伤疤 。
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3.虽然潘多拉的环境恶劣，但人类只要戴上空气过滤面罩，甚至可以裸着皮肤在潘多拉上工作 。然而，即使人类学习了那威，他们也不能直接与那威人交流，所以科学家转向克隆技术：他们将人类dna与纳维dna结合，创造出一个克隆的纳维人，让人类意识进入其中，成为人类在这个星球上自由活动的体现 。然而，并不是人都可以操纵这个克隆的纳维，只有那些dna与他的人类dna相匹配的人才有这种能力 。杰克萨利发现了他哥哥捐赠的克隆人纳维 。实验结束后，他又能走路了 。
4.几年后，杰克萨利到达潘多拉星球时，发现这里的美景简直无法用语言来形容，参天大树高达900英尺，群山散落在空中，五颜六色茂密的雨林里长满了奇奇怪怪的植物，各种动植物在夜间发光 。就像梦里的梦幻花园 。然而，他很快就体验到了这里的危险 。一只死兽与他狭路相逢，杰克在逃跑过程中与队友失去联系；晚上，他被一群鬣狗袭击，杰克奋起反抗 。在整个战斗中，杰克寡不敌众，处境危险 。在一次危机中，一支箭射中了鬣狗，杰克得救了 。是纳维公主救了他，杰克从她口中了解了更多关于潘多拉的事情 。
5.纳维人一直与潘多拉星球上的其他物种和谐相处，过着简单自然的生活 。杰克在和这个纳维女孩相处的过程中，逐渐改变了对人类在这里采矿的看法，他意识到自己找到了值得为之奋斗的东西 。但是，杰克萨利要想加入纳维人对抗人类入侵者的战争，就要付出很高的代价：他不能永远呆在神通里，而当化身克隆人纳维人睡觉的时候，他又会回到自己偏瘫的人体里，只有通过特殊的连接设备才能再次回到神通里 。一旦和同胞成了敌人，就失去了和神通结合的可能，被困在一个残废的身体里，失去了越来越喜欢的纳维女孩 。
6.比较后，在利益的驱使下，人类派出战斗机摧毁了纳维人居住的家园树 。虽然杰克和其他人试图避免这样做，但矿业公司决心摧毁它 。杰克与他们谈判，并与纳维人谈判，让他们离开大树 。然而，在他解释完一切后，纳维人非常生气，尤其是杰克喜欢的纳维女孩，于是纳维人把杰克绑在了脚手架上 。矿业公司派出的战士发现他们的谈判失败了 。于是，他们下令开火，摧毁了他们前进的障碍——纳维人赖以生存的巨树，纳维人的老首领也被炮火击毙 。
7.没有地方住的纳维人被迫暂时住在圣树下 。杰克等人的正义行动因为与矿业公司的利益相违背而被监禁；后来，杰克和其他人在退休军官的帮助下逃脱了 。杰克随后设法驯服了纳维兽的幽灵，到达了纳维人暂时居住的圣树，号召纳维人反抗，比较后他再次获得了纳维人的信任 。在他的呼吁下，他们联系了潘多拉星球上的其他民族的人，一起组成了一支数千人的叛军，形成了一条陆地和空中的防线 。