检察院的自侦案件的批捕由谁决定

逮捕仍然是检察院批准 。对于属于检察院管辖的刑事侦查案件 , 检察院内部的刑事侦查机构应按照《刑事诉讼法》中所对公安机关侦查刑事案件的相关规定执行 , 对于犯罪嫌疑人认为需要逮捕的 , 仍应报检察院内部的批捕科来要求批准逮捕 , 由检察院作出批准逮捕的决定后 , 再交由公安机关执行逮捕 。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第八十条 , 逮捕的权限划分
【检察院的自侦案件的批捕由谁决定】逮捕犯罪嫌疑人、被告人 , 必须经过人民检察院批准或者人民法院决定 , 由公安机关执行 。