不同的动产的抵押登记机关有：
1、企业设备、原辅材料、产品或商品等 ， 工商部门 ， 《企业动产抵押物登记管理办法》；
2、非农用机动车 ， 车辆管理局 ， 《机动车登记办法》；
3、农用机器设备 ， 农机站；
4、农作物和其他农业收获物 ， 农业局；
5、果园、树林 ， 林业局；
6、船舶《海商法》所指 ， 海事局《海商法》、《船舶登记条例》；
7、渔业船舶 ， 渔政渔港监督管理局 ， 《渔业船舶登记办法》；
8、民用航空器 ， 民用航空管理部门 ， 《民用航空法》 。
【法律依据】
【不同的动产的抵押登记机关】国家工商总局《企业动产抵押物登记管理办法》第一条规定 ， 为加强对企业动产抵押物的登记管理 ， 防止重复抵押 ， 保障抵押债权的实现 ， 根据《中华人民共和国担保法》的有关规定制定本办法 。

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